Um 1530 hielt sich der anhaltische Fürst Wolfgang gelegentlich auf dem Schloß auf. Der Westflügel war zu dieser Zeit bereits fertiggestellt.

Weiterhin verweilte der anhaltische Fürst Joachim Ernst um 1530 auf dem Schloß. Dieser ließ auch die Klosterkirche erneuern. Damit konnte das Schloß als Prinzen- und Witwensitz dienen.

Christian II. ließ 1630 unter Leitung des Baumeisters Andres Koch bauliche Umbauten vornehmen.

Fürst Victor Amadeus ordnete den Bau des Südflügels an. Die Bauleitung übergab er dem Landbaumeister Johann Tobias Schuchhardt. Weitere Ausbauten folgten.

Der jüngste Sohn des Baumeisters und der zweite Nachfolger Victor Friedrichs, nutzte Ballenstedt hauptsächlich als Jagd- und Sommerresidenz. Er ließ bereits 1732/33 vor dem Schloß ein repräsentatives Jagdzeughaus errichten.

Uta von Ballenstedt, war die Schwester des Grafen Esico. Die Uta ist auch die Stifterfigur des Naumburger Doms.

Im Westteil des Schlosses befanden sich die fürstlichen Wohngemächer, im Ostteil die Schloßkirche.

Die Schloßkirche ist ein evangelischer Emporensaal. Damals befand sich hinter der Empore die Orgel. Im Jahre 1956 wurde das Schloß als Forstfachschule genutzt und das Inventar der Kirche entfernt. Heute wird der Emporensaal als Konzert- und Kongreßhalle genutzt, gelegentlich finden allerdings auch Gottesdienste statt. Da die Kirche nicht geweiht wurde, können Sie sich hier standesamtlich trauenlassen.

Die in der ehemaligen Schloßkirche angebrachten Altargemälde von Carl Friedrich Kehrer befinden sich wieder an ihrem alten Platz. Verlorengegangen sind die dekorativen Schnitzereien der Fürstenloge.

Bis in die heutige Zeit sind der Weiße Saal und das Römische Zimmer, daß sich im Südflügel des Schlosses befindet, erhalten geblieben. Auf den Wandflächen des Römischen Zimmers sind römische Ruinenszenerien dargestellt. Diese Leinwandbespannungen wurden nach 1788 angebracht. Zwischen diesen Bildwänden finden Sie das Reiterstandbild des Kaisers Marc Aurel.